പതിനെട്ടാം മാർത്തോമ്മാ (1947-1976)
ഏബ്രഹാം മാർത്തോമ്മാ കാലം ചെയ്തതിനെത്തുടർന്ന്, യൂഹാനോൻ മാർ തീമൊത്തിയോസ് എപ്പിസ്കോപ്പാ, 'യൂഹാനോൻ മാർത്തോമ്മാ' എന്ന പേരിൽ മെത്രാപ്പോലീത്താ ആയി സ്ഥാനാരോഹണം ചെയ്യപ്പെട്ട്, സഭയുടെ പതിനെട്ടാം മാർത്തോമ്മാ ആയി. യൂഹാനോൻ മാർത്തോമ്മായുടെ കാലത്താണ് സഭയുടെ പിളർപ്പിലേക്ക് നയിച്ച 'ദാനിയേൽ കേസ്' ഉടലെടുത്തത്. ഒരുകാലത്ത് സഭയ്ക്ക് വേണ്ടി ശക്തമായ നിലപാടുകൾ എടുത്ത ശ്രീ. കെ.എൻ. ദാനിയേൽ, ഏബ്രഹാം മാർത്തോമ്മായുടെ കാലശേഷം സഭാ നേതൃത്വത്തോട് അകന്നു. 1953-ലെ എപ്പിസ്കോപ്പൽ തെരഞ്ഞെടുപ്പോടുകൂടി ഈ അകൽച്ച കൂടുതൽ രൂക്ഷമായി. യൂഹാനോൻ മാർത്തോമ്മാ, യാക്കോബായ വിശ്വാസി ആണെന്നും, അതിനാൽ മെത്രാപ്പോലീത്തായെ സഭയുടെ നേതൃസ്ഥാനത്തു നിന്ന് നീക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ട് ശ്രീ. ദാനിയേൽ, മെത്രാപ്പോലീത്തായ്ക്ക് എതിരായി 1955 ജൂലായ് 29-ന് കോട്ടയം ജില്ലാ കോടതിയിൽ കേസ് ഫയൽ ചെയ്തു. ജില്ലാ കോടതിയിലെ വിധി ശ്രീ. ദാനിയേലിനു എതിരായിരുന്നു. ഹൈക്കോടതിയിൽ കൊടുത്ത അപ്പീലും, അതിനു ശേഷം സുപ്രീം കോടതിയിൽ ഫയൽ ചെയ്ത അപ്പീലും ശ്രീ. ദാനിയേലിന് എതിരായിരുന്നു. 1965-ലെ സുപ്രീം കോടതി വിധി വരുന്നതിനു മുമ്പ്, 1961-ൽ ശ്രീ. ദാനിയേലിനെ പിന്തുണച്ചിരുന്ന കുറച്ചു പട്ടക്കാരും അത്മായരും, 'സെന്ററ് തോമസ് ഇവാൻജലിക്കൽ ചർച്ച് ഓഫ് ഇൻഡ്യ' എന്ന പേരിൽ പുതിയ ഒരു സഭ രൂപികരിച്ചു, പിരിഞ്ഞു പോയി. സുപ്രീം കോടതി വിധി വരുന്നതു വരെ ശ്രീ. ദാനിയേൽ മാർത്തോമ്മാ സഭയിൽ തുടർന്നു. പുതിയ സഭയിലേക്കു പോയ പലരും പിന്നീട് മാർത്തോമ്മാ സഭയിലേക്ക് മടങ്ങി വന്നു. മാർത്തോമ്മാ സഭയുടെ വിശ്വാസാചാരങ്ങൾ തലനാരിഴ കീറി വിശകലനം ചെയ്ത് പരിശോധിച്ച് ഉറപ്പാക്കിയ ഒരു കോടതി വ്യവഹാരം എന്ന നിലയിൽ ഈ കേസ് സഭാചരിത്രത്തിലെ ഒരു നാഴികക്കല്ല് ആണ്.
1975-ൽ ഇൻഡ്യയിൽ പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ട അടിയന്തിരാവസ്ഥ, ജനാധിപത്യത്തിന് എതിരാണ് എന്നു തുറന്നു പറയാൻ ധൈര്യം കാട്ടിയ ഒരേ ഒരു സഭാനേതാവായിരുന്നു യൂഹാനോൻ മാർത്തോമ്മാ മെത്രാപ്പോലീത്താ. ഇക്കാരണത്താൽ മെത്രാപ്പോലീത്തായെ അറസ്റ്റ് ചെയ്യുവാൻ നീക്കമുണ്ടായിരുന്നു. എങ്കിലും പ്രത്യാഘാതങ്ങൾ ഭയന്ന് അറസ്റ്റ് നടന്നില്ല. മാർ തോമാ സുറിയാനി സഭയ്ക്ക് കാലോചിതമായ ഒരു ലോഗൊ (അടയാളചിഹ്നം) ആവിഷ്കരിച്ചത് മെത്രാപ്പോലീത്തായുടെ കാലത്ത് ആയിരുന്നു. സഭയുടെ ആദർശ വാക്യം, (Motto) 'പ്രകാശനായ പ്രകാശിതഃ', തെരഞ്ഞെടുത്തതും തിരുമേനി തന്നെ ആയിരുന്നു. ഇരുപത്തിയൊൻപതു വർഷത്തെ സഭാഭരണ കാലത്ത്,സഭയുടെ നന്മക്കായി നിരവധി നല്ല കാര്യങ്ങൾ ചെയ്യുവാനും, പുതിയ പദ്ധതികൾ ആവിഷ്ക്കരിക്കുവാനും മെത്രാപ്പോലീത്തായ്ക്ക് കഴിഞ്ഞു. ഭവനരഹിതരായവർക്ക് വീടുകൾ നിർമ്മിച്ചു നൽകുക എന്ന ഉദ്ദേശ്യത്തോടെ ആരംഭിച്ച 'ഭവനദാനപദ്ധതി' ആവിഷ്കരിച്ചതും നടപ്പാക്കിയതും യൂഹാനോൻ മാർത്തോമ്മായുടെ കാലത്തായിരുന്നു. മെത്രാപ്പോലീത്താ താമസിച്ചിരുന്ന പഴയ പുലാത്തീൻ കെട്ടിടത്തോടു ചേർന്ന് പണികഴിപ്പിച്ച പുതിയ പുലാത്തീനിൽ (ഇപ്പൊഴത്തെ പുതിയ പുലാത്തീൻ അല്ല, അതിനു മുമ്പുള്ളത്) താമസിക്കുന്നതിന് മെത്രാപ്പോലീത്താ ഒരു നിബന്ധന വച്ചത് ചരിത്രസംഭവമാണ്. ഭവനരഹിതനായ ഒരാൾക്കെങ്കിലും വീട് നിർമ്മിച്ചു നൽകാതെ പുതിയ പുലാത്തീനിൽ താമസിക്കയില്ല എന്നതായിരുന്നു ആ നിബന്ധന. ശാന്ത ഗംഭീരനായിരുന്ന തിരുമേനി, 1976 സെപ്റ്റംബർ 27-ന് കാലം ചെയ്തു.