പതിനഞ്ചാം മാർത്തോമ്മാ (1894-1909)
പിൻഗാമിയെ വാഴിക്കുവാൻ കഴിയാതെ പതിനാലാം മാർത്തോമ്മാ കാലം ചെയ്തതോടെ, സഭ അനാഥമായി. സഭയുടെ നേതാക്കൾ തൊഴിയൂർ സഭയെ സഹായത്തിനായി സമീപിച്ചു. താഴത്ത് പുന്നത്ത്ര ചാണ്ടപ്പിള്ള കത്തനാരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ തൊഴിയൂരിൽ നിന്ന് രണ്ട് മെത്രാപ്പോലീത്താമാരെ കോട്ടയത്ത് എത്തിച്ചു. 1894 ജനുവരി 18-ന് തൊഴിയൂർ സഭയുടെ മെത്രാപ്പോലീത്താ യൗസേഫ് മാർ അത്താനാസിയോസിൻ്റെ പ്രധാന കാർമ്മികത്വത്തിലും, സഫ്രഗ്ഗൻ മെത്രാപ്പോലീത്താ ഗീവർഗീസ് മാർ കൂറിലോസിൻ്റെ സഹകരണത്തിലും, ദത്തോസ് റമ്പാനെ, കോട്ടയം ചെറിയ പള്ളിയിൽ വച്ച് തീത്തൂസ് മാർ തോമാ എന്ന പേരിൽ മെത്രാപ്പോലീത്താ ആയി അഭിഷേകം ചെയ്തു. അങ്ങനെ ആറാം മാർത്തോമ്മായുടെ കാലത്ത് മലങ്കര സഭയ്ക്ക് കൈമോശം വന്ന 'മാർ തോമാ' (മാർത്തോമ്മ) സ്ഥാനം പുനസ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു. യാക്കോബായ പക്ഷക്കാരുടെ എതിർപ്പുകൾ ഉണ്ടായിരുന്നു എങ്കിലും, ചടങ്ങുകൾ എല്ലാം ഭംഗിയായി നടന്നു.
സെമിനാരിക്കേസിൽ വിജയിച്ച പുലിക്കോട്ടിൽ മാർ ദീവാന്നാസിയോസ്, സിവിൽ കേസുകൾ തുടർച്ചയായി കൊടുത്തു, മെത്രാൻ കക്ഷി പക്ഷത്തുള്ള പഴയ പള്ളികൾ ഓരോന്നായി കൈവശപ്പെടുത്തുവാനുള്ള ശ്രമം ആരംഭിച്ചു. മെത്രാൻ കക്ഷിക്കാർക്ക് പള്ളികൾ മിക്കതും നഷ്ടപ്പെട്ടു. കൊട്ടാരക്കര, മാരാമൺ, കോഴഞ്ചേരി, പുത്തൻകാവ് എന്നീ പള്ളികൾ മെത്രാൻ കക്ഷിക്കാരായ മാർത്തോമ്മാക്കാർക്കു ലഭിച്ചു. എന്നാൽ പുത്തൻകാവ് പള്ളി, പുലിക്കോട്ടിൽ മാർ ദീവാന്നാസിയോസ് കൈവശപ്പെടുത്തി. പിന്നീട് ആ പള്ളി മാർത്തോമ്മാക്കാർക്കു വിട്ടുകിട്ടിയില്ല. ചെങ്ങന്നൂർ, മല്ലപ്പള്ളി, തേവലക്കര, കൊല്ലം, 1 പെരുനാട്, തലവടി പടിഞ്ഞാറേക്കര എന്നീ പള്ളികൾ, രണ്ടു പക്ഷക്കാർക്കും തവണ വച്ചു ആരാധിക്കുവാനുള്ള അവകാശവും ലഭിച്ചു. സെമിനാരി കേസിലെ തോൽവിയോടെ സെമിനാരി നഷ്ടപ്പെട്ട മാർത്തോമ്മാ സഭയ്ക്ക് ഒരു സെമിനാരി സ്ഥാപിക്കേണ്ടത് അത്യാവശ്യമായിരുന്നു. താഴത്ത് ചാണ്ടപ്പിള്ള കത്തനാർ, ചെറിയമഠത്തിൽ യാക്കൂബ് കത്തനാർ എന്നിവരുടെ പരിശ്രമഫലമായി, 1895-ൽ കോട്ടയം പട്ടണത്തിൽ തന്നെയുള്ള സീയോൻ കുന്നിൽ സ്ഥലം വാങ്ങി താൽക്കാലിക കെട്ടിടം പണിത് ഒരു സ്കൂൾ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു.
എന്നാൽ പൂർണ്ണ സ്ഥിതിയിൽ സെമിനാരി പഠനം ആരംഭിക്കുന്നത് 1925-ൽ മാത്രമാണ്. തീത്തൂസ് ഒന്നാമൻ മാർത്തോമ്മായുടെ കാലത്താണ് സഭാ ഭരണത്തിന് ക്രമീകൃതമായ ഒരു സംവിധാനം നിലവിൽ വരുന്നത്. ഭരണം ജനപങ്കാളിത്തത്തോടെ ആയിരിക്കുവാൻ ഉതകുംവിധം ഒരു മാനേജിംഗ് കമ്മിറ്റിയും (ഇപ്പോഴത്തെ സഭാ കൗൺസിൽ), ഒരു സമസ്ഥാലോചനാ സഭയും (ഇപ്പോഴത്തെ പ്രതിനിധി മണ്ഡലം) പ്രവർത്തനസജ്ജമാക്കുവാൻ വേണ്ട ക്രമീകരണങ്ങൾ ചെയ്തു. സഭയ്ക്ക് ഒരു കരട് ഭരണഘടന എഴുതിയുണ്ടാക്കി അംഗീകരിക്കപ്പെടുന്നത് ഇക്കാലത്താണ് (1910-ൽ ആണ് അത് പ്രാബല്യത്തിൽ വന്നത്). പ്രസിദ്ധീകരണം നിന്നുപോയ സഭയുടെ ഔദ്യോഗിക നാവായ മലങ്കര സഭാതാരകയുടെ പ്രവർത്തനം പുനരാരംഭിക്കുന്നതും ഇക്കാലയളവിൽ ആണ്. 1888-ൽ സ്ഥാപിതമായ 'സുവിശേഷ പ്രസംഗ സംഘം' എന്ന, സഭയിലെ ഒരു സുവിശേഷീകരണ പ്രസ്ഥാനത്തിന്റെ ആഭിമുഖ്യത്തിൽ 'മാരാമൺ കൺവൻഷൻ' ആരംഭിക്കുന്നത് 1895-ൽ തീത്തൂസ് ഒന്നാമൻ മാർത്തോമ്മാ മെത്രാപ്പോലീത്തായുടെ കാലത്താണ്. പിന്നീട് ഇത് ഏഷ്യയിലെ ഏറ്റവും വലിയ ക്രിസ്തീയ യോഗമായി വളർന്നു എന്നത് ചരിത്ര സത്യം. തിരുവല്ലയിൽ എസ്.സി. സ്കൂൾ ആരംഭിക്കുന്നതും, പിന്നീട് പഞ്ചായത്ത് പുരയിടം വാങ്ങി കെട്ടിടം പണിത് സ്കൂൾ അവിടേയ്ക്ക് മാറ്റി സ്ഥാപിക്കുന്നതും തീത്തൂസ് ഒന്നാമൻ മാർത്തോമ്മായുടെ ഭരണ കാലത്താണ്. വികാരി ജനറാളായിരുന്ന ദിവ്യശ്രീ ഐപ്പ് തോമാ കത്തനാർ ഇക്കാലമത്രയും മെത്രാപ്പോലീത്തായ്ക്ക് വേണ്ട പിന്തുണ നൽകിയിരുന്നതും ഇത്തരുണത്തിൽ അവിസ്മരണീയമത്രെ. പ്രതിസന്ധി ഘട്ടത്തിൽ സഭയെ ധീരമായി നയിച്ച തീത്തൂസ് ഒന്നാമൻ മെത്രാപ്പോലീത്താ 1909 ഒക്ടോബർ 20-ന് കാലം ചെയ്തു.